为结合我国国民经济和社会发展5年计划的制度安排，兼顾排污许可相对稳定的需要，排污许可证的有效期原则上为5年。但考虑到改革从易到难，逐步完善的需要，对于此次改革开始后首次核发的排污许可证有效期确定为3年。这主要考虑以下两个方面的因素。

第一，有利于推动改革。目前各地对现有企业核发的排污许可证有效期限为1年至5年不等，且管理要求和许可内容存在较大差异，短时间内要实现全国统一难度大，需要有一个逐步完善的过程，因此设定一个折中的有效期限有利于确保改革的正确方向。

第二，有利于对新建项目及时完善环境管理。对于新建项目，由于企业刚刚从建设期转入生产运行期，各项污染治理设施、环境管理制度、管理水平均需要不断调试与完善，对执行排污许可事项和管理要求存在较大不确定性，缩短有效期有利于企业减少办理许可证变更手续。